El Consorci Ivàlua es regeix pels òrgans següents: el Consell Rector, la Presidència i la Direcció Executiva; també compta amb un Consell Assessor.
Consell Rector
És l’òrgan màxim de govern del Consorci es reuneix com a mínim amb caràcter ordinari dos cops l’any i té com a atribucions, entre d’altres, fixar les regles de funcionament del Consorci, aprovar la forma de gestió, el seu marc pressupostari, la Memòria i el Pla anual d’actuacions i projectes, els preus i les tarifes.
Consell Assessor
És un òrgan assessor de caràcter col·legiat integrat per experts i expertes de reconegut prestigi en el camp de les polítiques públiques, l’àmbit acadèmic, social o econòmic. Fou creat pel Consell Rector d’Ivàlua de conformitat amb l’article 12.1 dels seus Estatuts. Les seves funcions són les d’assessorar al Consell Rector i a la Direcció Executiva, i actuar com a òrgan de pensament i reflexió, tant pel mateix Consorci, com per la resta de la societat i la ciutadania.